Atas rahmat Allah SWT, maka pada tanggal 30 November 1954, Wakil Presiden Republik Indonesia yang pertama, Bapak Drs. Mohammad Hatta, meresmikan berdirinya Perguruan Tinggi Pertanian di Payakumbuh yang merupakan salah satu fakultas dari Universitas Adytiawarman. Pada tanggal 13 September 1956 Universitas Andalas didirikan dan Perguruan Tinggi Pertanian berubah menjadi Fakultas Pertanian dan merupakan salah satu fakultas di lingkungan Universitas Andalas.
Fakultas Pertanian Universitas Andalas adalah Fakultas Pertanian tertua di luar pulau Jawa. Sebagai fakultas yang baru berdiri, selama tiga tahun pertama yakni sampai tahun 1957, Fakultas Pertanian memiliki 13 orang Guru Besar yang sebagian besar orang asing. Fasilitas yang dipunyai kampus Payakumbuh waktu itu cukup lengkap. Pada tahun 1958 terjadi pergolakan daerah, dan karena alasan keamanan dan keberlanjutan pendidikan, Fakultas Pertanian yang ada di Payakumbuh dipindahkan ke Jalan Mangunsarkoro, Padang dan selanjutnya pindah ke Air Tawar, Padang. Pada tahun 1960 kampus Fakultas Pertanian di Air Tawar Padang dibenahi, dan pada tahun 1964 Fakultas Pertanian menghasilkan 4 (empat) orang Sarjana Pertanian sebagai alumni pertamanya.
Dari sisi jumlah dan mutu dosen, kemajuan yang dicapai Fakultas Pertanian sampai saat ini cukup menggembirakan. Menurut keadaan bulan Juni 2011 Fakultas Pertanian mempunyai 135 orang dosen yang terdiri dari 51 orang bergelar Doktor (S3), 67 orang berpendidikan setingkat Master/Magister; dan 17 orang setingkat Sarjana, dan 25 orang di antaranya adalah Guru Besar. Saat ini sebanyak 23 orang dosen sedang menjalani tugas belajar melanjutkan pendidikan jenjang S3 dan 3 orang jenjang S2. Pada tahun akademik 2017/2018 jumlah mahasiswa sebanyak 2.222 orang dan alumni 8.535 orang. Sejak dua tahun terakhir penerimaan jumlah mahasiswa adalah sekitar 530 orang mahasiswa/tahun untuk program Reguler dan Reguler Mandiri (sejak tahun 2016/2017).
Mulai tanggal 1 Februari 1995 Fakultas Pertanian Unand menempati lokasi kampus baru Limau Manis (lokasi sekarang) dengan luas lantai bangunan 24.943 m2. Kampus saat ini memiliki sarana dan prasarana penunjang pendidikan seperti peralatan laboratorium, rumah kaca, kebun percobaan, sistim administasi komputerisasi dengan sistem LAN (Local Area Network) yang terkoneksi dalam lingkungan Universitas Andalas dengan kabel Fiber Optik. Jaringan ini mendukung program Smart Campus baik untuk pendidikan, penelitian, pengabdian masyarakat, keuangan, personalia, asset, kemahasiswaan dan lainnya. Luas Kebun Percobaan ± 15 ha yang digunakan untuk kegiatan praktikum, penelitian dan produksi, yang saat ini sedang dikembangkan sebagai Teaching Farm. Pada tahap awal sudah dilengkapi dengan tanaman koleksi antara lain tanaman kelapa sawit, gambir, buah-buahan, serta tanaman koleksi lainnya termasuk tanaman hutan.
Selain fasilitas pendidikan yang ada di kampus Limau Manis, Fakultas Pertanian juga memiliki fasilitas pedidikan lain berupa Stasiun Penelitian di Payakumbuh seluas ± 9 ha, dan dimanfaatkan terutama untuk tujuan produksi. Di sini juga terdapat Pusat Pengembangan Gambir (Gambir Development Center). Bangunan fisik gedung utama kampus di Payakumbuh pada tahun 2002 telah direnovasi untuk menunjang kegiatan penelitian dan pengabdian kepada masyarakat dari bantuan alumni, pemerintah daerah dan perusahaan lainnya.